开设了以下院系：
| 学院 | 所含专业 |
|---|---|
| 全科医学与继续教育学院 | 临床医学 护理 药学 口腔医学 医学检验技术 康复治疗技术 助产 |
| 第五临床学院 | 康复治疗学 康复物理治疗 康复作业治疗 |
| 第二临床学院 | 麻醉学 医学影像学 临床医学 |
| 卫生管理学院 | 公共事业管理 应用心理学 法学 |
| 公共卫生学院 | 预防医学 食品卫生与营养学（食品质量与安全） |
| 药学院 | 临床药学 药学 |
| 第三临床学院 | 临床医学 |
| 第一临床学院 | 临床医学 |
| 第六临床学院 | 临床医学 |
| 儿科学院 | 儿科学 |
| 护理学院 | 护理学 |
| 基础医学院 | 基础医学 |
| 金域检验学院 | 医学检验技术 |
| 精神卫生学院 | 精神医学 |
| 口腔医学院 | 口腔医学 |
| 南山学院 | 临床医学 |
| 生命科学学院 | 生物技术(医学) |
| 生物医学工程学院 | 生物医学工程 |
| 中西医临床学院 | 中西医临床医学 |
